天平(七二九～四九)のころ、行基菩薩がこの地を訪れた時、夢に白衣観世音があらわれ、「ふだらくの岸打つ波のよるベかと」と上の句を詠まれたので「松のうらばに咲きかかる藤」と下の句を返された。翌朝、目覚めてみると山頂に紫色の藤が咲いていた。そこで行基菩薩はこの山の名を愛藤山とし、一宇を創建して千手観世音を奉安した。その後承安三年(一一七三)小松内大臣平重盛が改築し、寺領を寄進して小松寺と名づけた。承久の変では兵火のため堂塔を焼失したが、応仁の乱後に全慶上人が再興した。小牧・長久手の戦いで寺の境内が豊臣方の主陣地になり、このため七堂伽藍は灰構艦に帰し、明暦三年(一六五七)になって本堂が再建された。